Современный цифровой гербарий устроен следующим образом:

1. Развитие физических коллекций. 1 Пополнение идёт за счёт новых сборов сотрудников, даров от отдельных ботаников и гербариев, разбора традиционных «завалов». 1
2. Сканирование и индексация образцов. 1 Сотрудники гербария вводят метаданные (электронные сведения о каждом образце, необходимые для индексации), готовят образцы к сканированию и выдают их операторам, обеспечивают поиск пропущенных образцов и готовят файлы к публикации на портале. 1 Компания-партнёр на своём оборудовании и силами своих сотрудников сканирует образцы, обеспечивает проверку качества изображений и передаёт их в виде записанных на жёсткие диски массивов TIFF и JPG файлов. 1
3. Разработка и поддержание портала, внедрение новых модулей и функций. 1 Это делает команда программистов, создавшая портал, на котором и доступен цифровой гербарий. 1
4. Пополнение полнотекстовой базы данных этикеток. 1 Происходит путём заполнения стандартных xls-форм сотрудниками, помощниками и волонтёрами. 1
5. Геопривязка образцов. 1 Задача — привязать к координатам место сбора, описанное в этикетке, оценив ещё и точность такой привязки. 1 Она идёт тремя основными путями: прямой экспорт координат с этикеток (у новых образцов), ручная привязка операторами с использованием открытых источников, автоматическая привязка с помощью системы ИСТРА. 1

Также электронный гербарий может представлять собой многопользовательское web-приложение, которое позволяет организовать хранение, изменение и добавление данных с учётом разграничения пользовательских прав, с учётом названий гербария и гербарных подгрупп. 4