Транскрипционные паузы могут влиять на процесс элонгации следующим образом:

• Облегчают сопряжение транскрипции и трансляции. 2 Пауза останавливает РНК-полимеразу, что позволяет транслирующей рибосоме догнать её. 2
• Влияют на кинетику продукции РНК. 2 Расположение последовательности, подверженной паузе, её продолжительность и склонность к паузированию определяют степень влияния паузы на этот процесс. 2
• Могут способствовать транскрипционному шуму. 2 Приостановка РНК-полимеразы во время элонгации усиливает склонность к столкновениям между последовательными ферментами в матрице и, в некоторых случаях, к преждевременному завершению. 2
• Дают время для формирования шпилечной структуры в РНК. 1 Задержка в элонгации позволяет начать этот процесс. 1

Продолжительность пауз в процессе элонгации может контролироваться факторами элонгации. 5