Томас Хант Морган открыл явление кроссинговера в 1911 году вместе со своим студентом Альфредом Х. Стёртевантом при анализе многочисленных мутаций, локализованных в X-хромосоме плодовой мушки Drosophila melanogaster. 1

Морган анализировал результаты двух скрещиваний: 1

1. Самок с жёлтым телом и белыми глазами скрещивали с самцами дикого типа (серое тело, красные глаза). 1 В первом поколении (F1) все самки были дикого типа, а у самцов проявились оба мутантных признака. 1 Во втором поколении (F2) подавляющее большинство мух имело фенотипы родителей, но у менее чем 1% мух было либо жёлтое тело с красными глазами, либо серое тело с белыми глазами. 1
2. Самок с белыми глазами и маленькими крыльями скрещивали с самцами дикого типа. 1 Во втором скрещивании в F2 также появлялись мухи с рекомбинантными фенотипами, причём их доля составила 34,5%. 1

Морган предположил, что именно хиазмы были теми точками, в которых хромосомы обменивались своими участками, и для описания этого процесса ввёл термин «кроссинговер». 1

Учёный также доказал, что вероятность кроссинговера зависит от того, на каком расстоянии гены расположены в хромосоме: чем расстояние больше, тем чаще происходит кроссинговер и больше вероятность появления рекомбинантных организмов. 2