Теломеры препятствуют патологическому слиянию концов хромосом следующим образом:

• Участвуют в фиксации хромосом к ядерному матриксу. 1 Это необходимо для правильной ориентации хромосом в ядре, что предотвращает слияние хромосом во время митоза. 1
• Сцепляют друг с другом концы сестринских хроматид. 1 Возможно, это происходит за счёт гибридизации теломеров сестринских ДНК. 1
• Предотвращают распознавание теломер как двухцепочечных разрывов. 3 Это делают белки, ассоциированные с теломерами. 3

Кроме того, при случайном разрыве хромосомы в присутствии теломеразы к местам разрыва присоединяется теломерная ДНК, что стабилизирует хромосомные фрагменты и позволяет им функционировать. 1