Бактерии и растения связаны на молекулярном уровне через сигнальный обмен. 1 Например, когда бобовым нужен азот, они выделяют в почву из корней особые молекулы, распознаваемые симбиотическими бактериями. 1 В ответ бактерии производят другую молекулу — Nod-фактор, который в свою очередь распознаётся бобовым растением. 1 Когда взаимная коммуникация установлена, растение изменяет группу секретируемых корнями молекул и таким образом влияет на почву и микробиом, находящийся в непосредственной близости от его корней. 1

Также бактерии и растения связаны на молекулярном уровне через способность микроорганизмов синтезировать вторичные метаболиты — стимуляторы роста растений, преимущественно ауксины и гиббереллины. 3