Свободноживущие эукариоты без митохондрий, например метамонады, адаптировались к жизни при низком содержании кислорода путем вторичной утраты митохондрий. 25
Митохондрии получают энергию с помощью кислородного окисления, но в отсутствие кислорода этот процесс не нужен. 2 Метамонады, получая питательные вещества из окружающей среды, расщепляют их в отсутствие кислорода. 1 Хотя в итоге энергии им достаётся меньше, чем организмам с митохондриями, при обилии пищи это перестаёт быть проблемой. 1
Кроме того, некоторые организмы, такие как Monocercomonoides, позаимствовали систему синтеза железосерных кластеров у бактерий, у которых тоже никогда не было митохондрий. 25 Гены бактериальных белков попали в Monocercomonoides с помощью горизонтального переноса, то есть простейший «съел» бактериальную ДНК, а потом встроил её в свой геном. 2