Световые микроскопы широко применяются в современной научной работе в различных областях, например:

• Биология. 14 С их помощью изучают морфологические свойства микробиологических объектов: насекомых и их частей, многих паразитов, клеток растений и животных, простейших и бактерий. 1 Также микроскопы позволяют исследовать морфологию и физиологию клеток — строительных блоков всех живых существ. 1
• Медицина. 14 С их помощью проводят подсчёт клеток крови, анализ биопсий на структуру, морфологию и наличие определённых включений. 1 С применением молекулярно-биологических техник можно выявить локализацию отдельных химических веществ. 1
• Геология. 4 С помощью микроскопов рассматривают образцы минералов, для чего их полируют до толщины примерно 50 микрометров и располагают между двух предметных стёкол. 4
• Исследования наноматериалов. 1 Микроскопы применяют для изучения наноматериалов, в том числе при выполнении работ, требующих особой тонкости, например микрохирургии. 1