Субституция влияет на развитие и эволюцию различных организмов следующим образом: в процессе эволюции один орган замещается другим, который занимает подобное положение в организме и выполняет биологически равноценную функцию. 2

При этом наблюдается развитие этих органов в разных направлениях: один обычно подвергается редукции, другой — эволюционирует прогрессивно. 5

Примеры субституции:

• У хордовых осевой скелет — хорда — замещается сначала хрящевым, затем костным позвоночником. 2
• У кактусов листья (фотосинтезирующие органы) замещены стеблями. 2
• У змей редуцированы конечности — органы локомоции их предков, и передвижение тела осуществляется при помощи изгибания позвоночника. 4