Строение спор бактерий влияет на методы их окрашивания тем, что плотная оболочка спор, непроницаемая для воды, окрашивается с большим трудом. 24 Поэтому при обычных методах окраски споры имеют вид неокрашенных пустот внутри клетки. 2

Для окрашивания спор используют специальные методы с применением протрав (кислоты или щёлочи). 24 Протравы разрыхляют оболочку споры, облегчая проникновение в неё красителя. 2

Принцип окраски спор и кислотоустойчивых бактерий одинаков: препарат окрашивают основным красителем, затем обесцвечивают кислотой и докрашивают дополнительно в какой-нибудь контрастный цвет. 24

Например, при окраске методом Ожешко окрашенные споры имеют рубиново-красный цвет, а вегетативные тела микробных клеток приобретают цвет дополнительной краски — голубой при применении метиленового синего или зелёный при использовании малахитового зелёного. 2