Строение клеточной стенки бактерий влияет на их классификацию, так как от структуры и химического состава клеточной стенки зависит важный для систематики признак бактерий — отношение к окраске по Граму. 2

В соответствии с этим признаком выделяют две большие группы бактерий: 2

1. Грамположительные («грам+»). 2 У них толстая клеточная стенка, основной компонент которой — пептидогликан (муреин), он составляет до 90% массы клеточной стенки. 25 Такие бактерии окрашиваются в фиолетовый цвет по Граму и образуют более прочные биоплёнки. 5
2. Грамотрицательные («грам-»). 2 У них тонкая клеточная стенка, количество пептидогликана в которой составляет 5–20%. 2 Такие бактерии окрашиваются в розовый или красный цвет по Граму и более устойчивы к антибиотикам. 5

Кроме того, выделяют группу бактерий, не имеющих клеточной стенки (микоплазмы). 3

Также есть архебактерии, у которых клеточная стенка есть, но она сильно отличается от эубактериальной. 1