Среднеазиатская черепаха переживает суровые зимы в пустынях, уходя в зимнюю спячку. 2 Холодное время года она проводит в глубоких норах, которые роет в рыхлом грунте или использует уже готовые норы других животных, расширяя их по возможности. 1 Глубина нор в разных регионах может составлять от 25 до 75 см. 1
Зимой температура грунта в месте зимовки колеблется от 2 до 10 °С, а температура тела черепахи при этом составляет примерно 8–9 °С. 1 В течение года в норах сохраняется низкая влажность грунта. 1
Пробуждение черепах бывает вызвано резким изменением погодных условий: длительным потеплением в холодное время года или обильным дождём осенью. 1 Пробуждаются те особи, которые зарылись неглубоко (до 30 см) и чутко реагируют на прогревание грунта. 1 Снижение температуры возвращает черепах в норы для продолжения спячки. 1