Сравнительный метод способствовал развитию современной таксономии следующим образом: он позволил выявить сходства и различия между организмами. 1 На основе этого метода строится система классификации, которая группирует виды по степеням сходства и различий в разные классы, отряды и роды. 4

Например, сравнительно-морфологический метод до сих пор широко применяется при разработке классификаций цветковых растений. 5 На основании сравнительного изучения морфологии отдельных органов и их особенностей ботаники подробно описывают растения и устанавливают родственные взаимоотношения между ними. 5

Также сравнительный метод использовался при разработке клеточной теории и открытии закона зародышевого сходства Карла Бэра. 1

Кроме того, прогресс в разработке современной системы организмов связан со сравнительным анализом нуклеотидных последовательностей рибосомальных РНК, которые консервативны и мало изменяются в процессе биологической эволюции. 3