Сравнительная геномика помогает в понимании эволюции генома эукариот следующим образом:

• Определяет родственные связи между видами. 1 Это позволяет выявлять общие гены и их функции, а также отслеживать эволюционные изменения. 1
• Выявляет высококонсервативные гены. 5 Они имеют легко обнаруживаемые гомологи в организмах, разделяемых сотнями миллионов лет эволюции. 5 Это демонстрирует устойчивость последовательностей РНК и белков в процессе эволюции. 5
• Объясняет ключевые особенности эукариот. 3 Например, множественные линейные хромосомы, высокий уровень генетической избыточности и быстрое появление новых генных семейств на заре эволюции эукариот. 3