Сравнительная анатомия помогла в развитии теории эволюции следующим образом:

• Выявление гомологичных органов. 13 Это сходные структуры у разных видов, имеющих общего предка. 3 Наличие гомологичных органов свидетельствует о том, что общий предок имел исходный орган, который изменялся в зависимости от среды обитания. 3
• Определение аналогичных органов. 13 Это сходные структуры у разных видов, не имеющих общего предка. 3 Аналогичные органы имеют сходную функцию, однако имеют разное происхождение и строение. 3 Они являются примерами приспособления разных по происхождению органов к сходным условиям окружающей среды. 3
• Выявление рудиментов и атавизмов. 12 Рудименты — органы, которые в ходе эволюции утратили своё функциональное значение. 1 Атавизмы — случаи проявления у отдельных особей признаков дальних предков. 1 Они доказывают, что в генотипе современных организмов сохранились гены предков, отвечающих за развитие этих признаков. 2

Материалы, накопленные сравнительной анатомией, были одними из первых доказательств эволюции, использованными Чарльзом Дарвином в своих работах. 3