При чрезмерном размножении спирогира негативно влияет на экосистему пресноводного водоёма. 3 Некоторые последствия:

• Уничтожение других растений. 3 Спирогира опутывает их и препятствует нормальной жизнедеятельности. 3
• Снижение числа губок. 34 Они фильтруют воду и делают водоём кристально чистым. 34
• Заиление. 3 Отмершие части нитей спирогиры постоянно оседают на дно и накапливаются. 3
• Загрязнение воды. 4 Разлагаясь, спирогира поглощает кислород и выделяет вредные для рыбы нейротоксины. 4 Вода становится непригодной для употребления людьми и животными. 4
• Угроза для животных. 1 В больших количествах выделяемый спирогирой яд может представлять опасность для обитателей водоёма и животных, которые приходят к нему на водопой. 1

Например, из-за размножения спирогиры в Байкале уменьшилась популяция омуля, так как тонкие нити водоросли не позволили бычкам занять их гнездовые площадки. 4