Спелеологи исследуют подземные экосистемы с помощью различных методов, среди которых:

• Картографирование. 5 При составлении карт учитывают породы и возраст галерей, динамику их изменения, затопление переходов и возникновение новых входов и завалов. 1
• Изучение подземной флоры и фауны. 5 Для этого собирают и описывают найденных организмов, а также описывают их среду обитания. 4 В неё входят такие факторы, как температура, влажность, содержание кислорода и углекислого газа, в водных объектах — скорость течения, гидрохимия, характер субстрата и т. д.. 4
• Фотографирование и видеосъёмка. 5
• Взятие проб. 5 Спелеологи берут пробы горных пород и микроорганизмов. 5
• Использование технологий. 1 Для исследования пещер применяют геоинформационные системы, лазерные дальномеры, мобильные роботы и дроны. 1
• Применение мобильных приложений. 1 Такие приложения превращают смартфон в интеллектуальный фонарик, компас и искатель пути. 1

Традиционным методом исследования пещер считается обход коридоров по компасу. 1