В природе фотонные кристаллы могут формироваться самопроизвольно в коллоидном растворе по мере осаждения коллоидных частиц друг на друга. 2

Некоторые примеры природных фотонных кристаллов:

• Опал. 15 Фотонный кристалл выполняет функцию оптического фильтра, его свойствами обусловлены яркие и красочные цвета опала. 1
• Биополимерные материалы на крыльях бабочек и в хитиновом покрове некоторых жуков. 2 Благодаря структуре фотонных кристаллов насекомые приобретают яркую окраску. 2
• Перламутровое покрытие раковин моллюсков, например галиотисов. 1
• Спикулы стеклянных морских губок. 4 В них наблюдается периодичность аксиальных цилиндрических слоёв из двуокиси кремния нанометрового масштаба, что приводит к образованию запрещённых фотонных энергетических зон. 4