Современная ботаника использует молекулярные методы для решения различных задач, связанных с исследованием растений. 23 Некоторые из них:

• Идентификация видов. 2 Для этого применяют методы поиска и исследования таксономически значимых участков ДНК, которые называют молекулярными или ДНК-маркерами. 2
• Оценка генетического полиморфизма природных популяций. 3
• Анализ чистоты сортов. 3
• Выявление гибридов. 3
• Выявление филогенетических связей видов, родов и таксонов более высокого уровня. 3
• Анализ транскрипционной активности генов. 3
• Паспортизация генофондов редких и исчезающих видов растений. 2

Некоторые молекулярные методы, которые используют в ботанике: полимеразная цепная реакция (ПЦР), ДНК-чипирование и секвенирование. 23

Также молекулярные методы применяют в молекулярной селекции растений. 5 Учёные анализируют ДНК, чтобы определить, какие именно гены отвечают за те или иные свойства. 5 Это позволяет выявлять желаемые гены и использовать их для создания новых сортов или гибридов с улучшенными характеристиками. 5