Содержание GC влияет на структуру и функции ДНК следующим образом:

• Организация генома. 1 В эукариотическом геноме присутствуют протяжённые участки, гомогенные по GC-составу (изохоры). 1 В геноме человека наиболее GC-богатые изохоры имеют самую высокую плотность расположения генов, а для изохор с небольшим содержанием GC характерна низкая концентрация генов. 1
• Стабильность ДНК. 3 ДНК с более высоким содержанием GC более термостабильна из-за наличия большего количества водородных связей. 3
• Эффективность ПЦР. 2 GC-богатые участки с большей вероятностью могут формировать различные вторичные структуры, преодолевать которые ДНК-полимеразе может быть затруднительно, вследствие чего будет снижаться эффективность ПЦР. 2