Система рестрикции-модификации защищает бактерии от чужеродной ДНК, разрушая её. 1 Эта система специфична по отношению к определённым последовательностям нуклеотидов в ДНК, которые называются сайтами рестрикции. 3

Процесс происходит так: если определённые нуклеотиды в последовательности не метилированы, эндонуклеаза рестрикции вносит в ДНК двуцепочечный разрыв, при этом биологическая роль молекулы ДНК нарушается. 3 В случае, когда метилирована только одна из цепей ДНК, расщепления не происходит, вместо этого метилтрансфераза добавляет метильные группы к нуклеотидам второй цепи. 3

Подобная специфичность системы рестрикции-модификации позволяет бактериям проводить селективное расщепление чужеродной ДНК, не затрагивая собственную. 3

В норме вся ДНК в бактериальной клетке либо полностью метилирована, либо полностью метилирована только по одной цепи (сразу после репликации). 3 Напротив, чужеродная ДНК не метилирована и подвергается гидролизу. 3