Симбиогенез повлиял на эволюцию митохондрий и пластид, приведя к их возникновению и утрате независимости. 12

Митохондрии, ответственные за клеточное дыхание и производство АТФ, вероятно, произошли от альфа-протеобактерий. 2 Эти бактерии были поглощены предковой клеткой, но не переварены, а вместо этого вступили во взаимовыгодные отношения. 2 Клетка-хозяин предоставляла бактериям защиту и питательные вещества, в то время как бактерии обеспечивали её энергией. 2 Со временем эти бактерии утратили свою независимость и стали интегральной частью клетки. 2

Пластиды, в частности хлоропласты, ответственные за фотосинтез в растительных клетках, вероятно, произошли от цианобактерий, которые также вступили в симбиотические отношения с другими клетками. 2 Клетка-хозяин не переварила аэробные фотосинтезирующие цианобактерии, а оставила их для последующего использования их продуктов фотосинтеза. 1 Это дало преимущество эукариотам в борьбе за существование. 1

В ходе эволюции бактерии-эндосимбионты превратились в полуавтономные органоиды. 3 Они сохранили способность синтезировать некоторые белки автономно от клетки-хозяина и способность размножаться путём деления. 3 Но значительная часть генетического материала митохондрий и хлоропластов переместилась в ядро. 3 В результате эти органоиды утратили способность размножаться вне клетки-хозяина. 3