Теория симбиогенеза объясняет возникновение ядра в эукариотических клетках через слияние нескольких прокариотических организмов (архей с бактериями). 5

Согласно этой теории, первые эукариотические (ядерные) клетки сформировались более 2 млрд лет назад в результате симбиоза архебактерий и эубактерий. 2 Археподобная клетка путём фагоцитоза поглотила во много раз меньшую по размерам протистоподобную архею. 2 Захваченная клетка не была переварена лизосомами, выжила в организме анаэробного гетеротрофного хозяина и стала его симбионтом. 2

В дальнейшем произошла трансформация эндосимбионта в эукариотическое ядро, то есть редукция бактериального генома и исчезновение фагосомальной мембраны клетки-хозяина. 2 Таким образом появились первые анаэробные протоэукариотические клетки, то есть клетки с начальным ядром. 2

В научном сообществе нет единого мнения относительно роли симбиоза в развитии эукариот. 1