Шишка влияет на физиологические процессы в хвойных деревьях следующим образом:

• Обеспечивает оплодотворение растения и продолжение его рода. 2 Мужские шишки являются местом созревания мужских гаметофитов и спермиев хвойных в виде пыльцы, а женские — местом развития женского гаметофита и яйцеклеток в семени. 1 После оплодотворения на чешуях женской шишки развиваются зародыши внутри семян. 1
• Регулирует распространение семян. 2 По мере созревания семян, шишки постепенно открываются, чтобы распространить их в окружающую среду. 2 Когда воздух тёплый и сухой, шишка раскрывает свои чешуйки и семена высыпаются, если же идёт дождь и холодно, то чешуйки шишек плотно сжимаются, не давая семенам выпасть и сгнить. 3
• Реагирует на изменения погодных условий. 3 Перед дождём чешуйки приподнимаются, и шишка закрывается, а в ясную погоду чешуйки вновь раскрываются. 3