Шапероны защищают нативную структуру белка от нарушений несколькими способами:

• Предотвращают случайные взаимодействия в белковой цепи. 1 Шапероны узнают участки молекулы, которые скрыты в зрелой конформации, но легко доступны при её синтезе. 1 Обратимо связываясь с этими участками, шапероны позволяют молекуле укладываться только таким образом, который обеспечивает формирование нативной структуры. 1
• Участвуют в удалении из клетки повреждённых молекул. 1 При нарушении структуры белка, например при воздействии высокой температуры, меняется его конформация. 1 При этом открываются те же области (обычно гидрофобные), которые во время синтеза были доступны для шаперонов. 1 Эти области становятся маркерами, позволяющими выявить повреждённый белок и отметить его для деградации. 1
• Помогают восстанавливать нативное состояние белков. 3 Шапероны помогают восстанавливать белки после их дестабилизации в результате внешнего стресса. 3
• Направляют незрелые белки в верное русло. 2 Шапероны захватывают белковые цепочки у самого выхода из рибосомного туннеля и таким образом направляют незрелые белки в верное русло. 2