Как считать клетки в ImageJ?

Чтобы считать клетки в ImageJ, можно использовать плагин Cell Counter: imagej.net bpb-us-w2.wpmucdn.com

1. Открыть плагин Cell Counter и изображение или стек, которые нужно посчитать (если плагин уже открыт, открывать новый экземпляр не нужно). imagej.net
2. Нажать «Инициализировать» (Initialize). imagej.net
3. Выбрать тип, который нужно считать, и считать, нажимая на объект на изображении. imagej.net При каждом нажатии на изображении будет отображаться цветное число, соответствующее типу, а соответствующий счётчик будет обновляться. imagej.net
4. По окончании счёта нажать кнопку «Результаты» (Results). bpb-us-w2.wpmucdn.com В нижней части окна результатов будет общее количество клеток каждого типа и общее количество всех кликов. bpb-us-w2.wpmucdn.com

Также для автоматического счёта клеток можно использовать следующий алгоритм: bitesizebio.com

1. Загрузить изображение, перетащив его в панель инструментов ImageJ. bitesizebio.com
2. Конвертировать изображение в серый цвет (Image > Type > 16-bit Grayscale). bitesizebio.com
3. Чтобы отличить клетки от фона, настроить порог (Image > Adjust > Threshold). bitesizebio.com Первый слайдер определяет нижнюю границу, второй — верхнюю. bitesizebio.com Цель — подавить пиксели с низкой интенсивностью, которые не составляют клетки. bitesizebio.com Поэтому второй слайдер нужно установить на 255, а сосредоточиться на настройке нижней границы. bitesizebio.com
4. Определить клетки с помощью функции анализа частиц (Analyze > Analyze Particles). bitesizebio.com Первый параметр — размер. bitesizebio.com Нужно указать программе игнорировать кластеры, которые слишком маленькие, чтобы быть клеткой. bitesizebio.com Чтобы найти подходящее значение, можно нарисовать круг, представляющий самую маленькую клетку на изображении. bitesizebio.com Затем нажать клавишу m, и во всплывающем окне измерений появится область (пиксели^2). bitesizebio.com Это значение и будет нижней границей. bitesizebio.com Обычно верхнюю границу можно оставить бесконечностью, если несколько клеток не упакованы вместе. bitesizebio.com
5. После нажатия «ОК» в окне анализа частиц автоматически появятся менеджер ROI и сводка. bitesizebio.com Менеджер ROI содержит все выбранные клетки (или области интереса). bitesizebio.com При необходимости можно выбрать клетки и внести ручные корректировки, если выбраны неклеточные кластеры. bitesizebio.com В сводке будет общее количество клеток вместе с другими полезными измерениями. bitesizebio.com

Ещё один способ подсчитать количество объектов на изображении в ImageJ — использовать инструмент «точка» (Point). kpfu.ru Выделение объектов осуществляется левой кнопкой мыши, а команда Analyze/Measure (горячая клавиша «m») выводит окно результатов измерений Results, в меню которого доступны опции сохранения, простейшей статистической обработки, построения графиков и т. д.. kpfu.ru