Чтобы считать клетки в ImageJ, можно использовать плагин Cell Counter: 12

1. Открыть плагин Cell Counter и изображение или стек, которые нужно посчитать (если плагин уже открыт, открывать новый экземпляр не нужно). 1
2. Нажать «Инициализировать» (Initialize). 1
3. Выбрать тип, который нужно считать, и считать, нажимая на объект на изображении. 1 При каждом нажатии на изображении будет отображаться цветное число, соответствующее типу, а соответствующий счётчик будет обновляться. 1
4. По окончании счёта нажать кнопку «Результаты» (Results). 2 В нижней части окна результатов будет общее количество клеток каждого типа и общее количество всех кликов. 2

Также для автоматического счёта клеток можно использовать следующий алгоритм: 3

1. Загрузить изображение, перетащив его в панель инструментов ImageJ. 3
2. Конвертировать изображение в серый цвет (Image > Type > 16-bit Grayscale). 3
3. Чтобы отличить клетки от фона, настроить порог (Image > Adjust > Threshold). 3 Первый слайдер определяет нижнюю границу, второй — верхнюю. 3 Цель — подавить пиксели с низкой интенсивностью, которые не составляют клетки. 3 Поэтому второй слайдер нужно установить на 255, а сосредоточиться на настройке нижней границы. 3
4. Определить клетки с помощью функции анализа частиц (Analyze > Analyze Particles). 3 Первый параметр — размер. 3 Нужно указать программе игнорировать кластеры, которые слишком маленькие, чтобы быть клеткой. 3 Чтобы найти подходящее значение, можно нарисовать круг, представляющий самую маленькую клетку на изображении. 3 Затем нажать клавишу m, и во всплывающем окне измерений появится область (пиксели^2). 3 Это значение и будет нижней границей. 3 Обычно верхнюю границу можно оставить бесконечностью, если несколько клеток не упакованы вместе. 3
5. После нажатия «ОК» в окне анализа частиц автоматически появятся менеджер ROI и сводка. 3 Менеджер ROI содержит все выбранные клетки (или области интереса). 3 При необходимости можно выбрать клетки и внести ручные корректировки, если выбраны неклеточные кластеры. 3 В сводке будет общее количество клеток вместе с другими полезными измерениями. 3

Ещё один способ подсчитать количество объектов на изображении в ImageJ — использовать инструмент «точка» (Point). 5 Выделение объектов осуществляется левой кнопкой мыши, а команда Analyze/Measure (горячая клавиша «m») выводит окно результатов измерений Results, в меню которого доступны опции сохранения, простейшей статистической обработки, построения графиков и т. д.. 5