Как считать клетки в ImageJ?

Чтобы автоматически посчитать клетки в ImageJ, можно использовать функцию «Анализировать частицы» (Analyze > Analyze Particles). bitesizebio.com Она позволяет идентифицировать и подсчитывать клетки на основе размера и округлости, устанавливая подходящие границы для размера и формы клеток. bitesizebio.com

Процесс включает несколько шагов: bitesizebio.com

1. Загрузить изображение. bitesizebio.com Если используются цветные изображения, сначала нужно преобразовать их в монохромные. bitesizebio.com Для этого выбрать «Изображение» > «Тип» > «16-битная монохромная». bitesizebio.com
2. Настроить порог. bitesizebio.com Эта функция позволяет подавить определённые пиксели на фоне, удаляя интенсивности ниже или выше определённого порога. bitesizebio.com Чтобы настроить порог, выбрать «Изображение» > «Настроить» > «Порог». bitesizebio.com Первый ползунок определяет нижнюю границу, второй — верхнюю. bitesizebio.com
3. Настроить параметры для подсчёта. bitesizebio.com Обычно можно оставить верхний предел как бесконечность, если только несколько клеток не расположены близко друг к другу. bitesizebio.com Второй параметр — округлость, он спрашивает, насколько круглыми являются клетки. bitesizebio.com Рекомендуется оставить настройки по умолчанию. bitesizebio.com
4. Выполнить автоматический подсчет. bitesizebio.com После нажатия «ОК» в окне анализа частиц автоматически появится менеджер ROI и сводка. bitesizebio.com Менеджер ROI содержит все выбранные клетки (или интересующие области). bitesizebio.com В сводке указано общее количество клеток и другие полезные измерения. bitesizebio.com

Также в ImageJ есть плагин Cell Counter, который позволяет вручную подсчитывать клетки, нажимая на изображение. bpb-us-w2.wpmucdn.com Каждое нажатие отмечает клетку цветным квадратом и добавляет её в лист подсчёта. bpb-us-w2.wpmucdn.com