Саркожгутиковые организмы влияют на окружающую среду и экосистемы следующим образом:

• Участие в цепях питания. 3 Саркожгутиковые играют важную роль как хищники и детритофаги. 3 Они потребляют разлагающуюся органику, бактерий и других простейших, сами служат пищей для водных беспозвоночных. 3
• Образование осадочных пород. 3 Некоторые группы саркожгутиковых (фораминиферы, радиолярии) в больших количествах обитают в морях и океанах. 3 Их раковины принимают участие в образовании осадочных (известняки, мел, кремень, трепел, радиолярит) и метаморфических (кварц, яшмы, халцедоны) пород. 3
• Формирование биомассы. 1 Благодаря фотосинтезу саркожгутиковых создаются органические вещества, которые формируют огромные объёмы биомассы в виде планктона в морях и пресных водоёмах. 1

Однако есть и негативное влияние: некоторые саркожгутиковые являются паразитами и могут негативно влиять на здоровье человека и животных. 24