Метод рентгеновской кристаллографии (рентгеноструктурного анализа) позволяет определить трёхмерную структуру белка, установив пространственные координаты всех атомов исследуемого объекта. 3

Процесс включает несколько этапов: 2

1. Кристаллизация белка. 12 Предварительно выделенный и очищенный белок кристаллизуют, то есть постепенно высушивают растворитель. 1 Иногда требуется совместная кристаллизация с субстратом, ингибитором или другими веществами. 2
2. Облучение кристаллов рентгеновскими лучами. 2 Получают дифракционную картину этих лучей. 2
3. Расчёт положения атомов в молекуле белка. 2 По положению пятен на дифракционной картине определяют положение каждого атома в молекуле белка. 2
4. Построение карты электронной плотности. 2 С помощью специальных компьютерных программ исследователь вручную вписывает атомы белковой структуры в полученную карту электронной плотности. 3
5. Получение модели белка. 2

Для некоторых белков, например мембранных, не удаётся создать достаточно большие и чистые кристаллы для классической кристаллографии. 1 Для таких белков изобрели метод серийной фемтосекундной рентгеновской кристаллографии (SFX). 1