С помощью электронного микроскопа изучается структура клеток следующим образом:

1. В трансмиссионном электронном микроскопе электроны проходят сквозь объект исследования. 4 При этом образец должен быть очень тонким, иначе электроны могут быть поглощены или рассеяться. 1 После этого пучок электронов создаёт изображение объекта на фотоплёнке. 4
2. В сканирующем электронном микроскопе точно сфокусированный пучок электронов движется взад и вперёд по поверхности образца. 1 Отражённые от поверхности электроны собираются и формируют изображение. 1 Сканирующий микроскоп даёт возможность проводить прижизненные исследования некоторых объектов. 4

Кроме срезов, под электронным микроскопом изучают крупные биологические молекулы, структуру мембран, белковые глобулы, поверхность клеточных органоидов. 2