Репликативный комплекс узнаёт, где начинать синтез ДНК, благодаря точкам начала репликации — определённым местам в ДНК, которые распознаются по нуклеотидной последовательности. 2

Специализированные белки распознают этот участок и связываются с ним, разъединяя цепи ДНК. 2 В результате образуются две Y-образные структуры — репликационные вилки, которые вместе образуют репликационный пузырь. 2

Инициация репликации происходит только в тех точках, которые содержат связанные факторы и которые поэтому относятся к разрешённым точкам. 4