Рекомбинация способствует возникновению новых комбинаций генов путём перераспределения генетического материала (ДНК или РНК) путём разрыва и соединения разных молекул. 4

Например, при гомологичной рекомбинации у эукариот происходит обмен нуклеотидными последовательностями между двумя идентичными хромосомами во время профазы 1 мейоза в половых клетках и фазы G1 митоза в соматических клетках. 3 Это происходит за счёт процессов разрыва и последующего соединения (перевоссоединения) гомологичных участков ДНК. 3

Сайт-специфическая рекомбинация способна вызвать значительные изменения в экспрессии генов в популяции, которая приобретает фенотипическую гетерогенность. 3 В процессе сайт-специфической рекомбинации реализуются различные эпигенетические механизмы, поскольку она влияет на кодирующие и регуляторные участки в геноме. 3 В результате организм приобретает новые признаки или теряет уже имеющиеся, что влияет на его адаптацию к окружающей среде. 3