Регуляторные участки ДНК влияют на экспрессию генов в эукариотических клетках следующим образом:

• С ними связываются транскрипционные факторы — специфические белки, которые контролируют процесс синтеза РНК (транскрипцию), усиливая или ослабляя её. 1
• Энхансеры — участки на спирали ДНК, которые связываются активаторами для того, чтобы закольцевать ДНК, приводя специфический промотор к инициирующему комплексу. 4
• Сайленсеры — участки последовательностей ДНК, которые при связывании с определёнными факторами транскрипции могут подавлять экспрессию гена. 4

Кроме того, упаковка хроматина влияет на наличие доступа к генетической информации, то есть на степень её экспрессии. 1 Разрыхление или, наоборот, уплотнение хроматиновой фибриллы облегчает или затрудняет доступ к ДНК многочисленным регуляторным факторам. 2

Также контроль экспрессии генов у эукариот осуществляется и на стадии трансляции (влияние ковалентной модификации на белковые факторы инициации). 5