Рецессивный эпистаз влияет на фенотипические проявления генов следующим образом: рецессивный аллель одного гена в гомозиготном состоянии не даёт возможности проявиться доминантному или рецессивному аллелям другого гена. 2

Расщепление по фенотипу при рецессивном эпистазе может идти в соотношениях 9:3:4 или 9:7. 14 Последний вариант возникает, когда рецессивная гомозигота по гипостатичному гену фенотипически неотличима от фенотипа эпистатичного гена (например, обе формы неокрашены). 1

Пример рецессивного эпистаза — наследование окраски шерсти у домовых мышей: мыши с генотипом А-bb и ааbb имеют одинаковый фенотип — все белые. 1