Развитие и эволюция органелл в процессе клеточной жизни связаны с несколькими гипотезами, среди которых наиболее распространена гипотеза клеточного симбиоза. 12
Согласно этой гипотезе, эукариотическая клетка — симбиотическая структура, которая состоит из нескольких клеток различных типов, окружённых общей мембраной. 12
Некоторые этапы развития органелл:
В дальнейшем органеллы специализировались: одна утратила способность к дыханию и фотосинтезу и преобразовалась в ядро, а другие, наоборот, эти функции развивали и дали начало митохондриям и пластидам. 1
Также существует инвагинационная гипотеза, согласно которой корпускулярные органеллы, имеющие ДНК, а также ядро, возникли в результате впячивания и отшнуровки фрагментов оболочки вместе с геномом с последующей функциональной специализацией в ядро, митохондрии, хлоропласты, усложнением ядерного генома, развитием цитоплазматических мембран. 4