Анатомия растений как наука развивалась с появлением микроскопа и совершенствованием микроскопической техники, поскольку тончайшее внутреннее строение растительных организмов невозможно рассмотреть простым глазом. 15
Основоположниками анатомии растений считают итальянского учёного Марчелло Мальпиги (1628–1694) и английского учёного Неемию Грю (1641–1712). 24 Они независимо друг от друга описали внутреннюю структуру вегетативных (стебель, лист, корень) и репродуктивных (цветок, плод, семя) органов. 3
В начале XIX века немецкий учёный Иоганн Якоб Мольденгавер показал, что растительные ткани построены из клеток. 24
В первой половине XIX века появлялись одно за другим открытия компонентов внутреннего строения растений. 1 Например, немецкий ботаник Хуго Моль различил в клетках живое вещество и водянистую жидкость — клеточный сок, обнаружил поры, кутикулу, чечевички, описал деление клеток, предложил классификацию тканей растений. 15
В конце XIX — начале XX века продолжались исследования анатомических структур. 1 Были получены данные о деталях строения протопласта, открыты митохондрии, аппарат Гольджи и другие органеллы. 1
Исследования второй половины XX века расширили многие представления о растительной клетке, строении её органелл, их ультраструктуре, химическом составе и функциях. 1
Первоначально анатомия растений совпадала с морфологией растений — описанием физических форм и внешней структуры растений, но с середины XX века исследования в анатомии растений рассматриваются как отдельная область, связанная с изучением прежде всего внутренней, микроскопической структуры. 24