В естественных условиях лотос орехоносный размножается преимущественно вегетативно — с помощью корневищ. 5
В весенне-летнее время корневища активно растут и ветвятся, давая тонкие шнуровидные молодые «ветви» — столоны. 5 Они обеспечивают быстрое завоевание растением большого пространства. 5 Нередко лотосы одной заросли оказываются связанными общей системой корневищ, достигающих огромной длины. 5
Также лотос орехоносный может размножаться семенами. 13 Семена на лотосовых озёрах можно собирать с начала сентября, когда коробочки растения созревают, приобретая коричневый цвет. 3