Системы корневых морфем в различных языках могут различаться, например, по следующим аспектам:

• Структура корня. 1 В разных языках существуют специфические типы корней. Так, в арабском, иврите и других семитских языках есть трёхсогласный корень, который состоит из трёх согласных фонем и несёт в себе основное значение ряда слов. 1
• Многозначность корневых морфем. 2 В изолирующих языках корневые морфемы почти всегда многозначны, так как инвентарь морфем ограничен количеством слогов и тонов, возможных в данном языке. 2
• Способ употребления. 4 Корневые морфемы могут быть свободными (существовать без аффиксов), как, например, в слове «дом-», или связанными (зависеть от аффиксов), как корень «баб-» в словах «добавка», «прибавка». 3
• Происхождение. 1 Корневые морфемы могут быть исконными и заимствованными. 1 Чаще всего заимствуются корневые морфемы вместе со словами. 1

Кроме того, в разных языках структура одной и той же морфемы может меняться в зависимости от фонетических и морфологических условий. 3