Подвиды бабуинов различаются между собой по некоторым признакам:

• Размер. 1 Самцы подвида Papio cynocephalus kindae (самый маленький из подвидов) имеют длину около 50 см и массу до 14 кг. 1
• Окраска шерсти. 2 Молодняк Papio cynocephalus cynocephalus рождается с чёрной шерстью, которая с возрастом меняется на окраску взрослых особей. 2 Детёныши P. c. kindae имеют красную шерсть при рождении, а представители подвида P. c. ibeanus рождаются белыми. 2
• Форма хвоста. 2 У обыкновенного бабуина хвост держится почти горизонтально от тела, а затем резко опускается и выглядит сломанным. 2 У других видов хвосты более изогнутые. 2
• Тип волос на теле. 2 В отличие от других подвидов, у восточно-африканского жёлтого павиана волнистые, а не прямые волосы на теле. 2

Также последний подвид (Papio cynocephalus kindae) отличается от первых двух по морфологии и социальной структуре образуемых групп, поэтому его предложено рассматривать как самостоятельный вид. 1