Некоторые морфологические признаки, по которым различаются хромосомы:

• Длина. 15 В разных клетках длина хромосом может варьироваться от 0,2 до 50 мкм. 15
• Диаметр. 1 Диаметр хромосом обычно составляет от 0,2 до 2 мкм. 1
• Положение центромеры. 4 Центромера делит хромосому на две части, называемые плечами. 4 В зависимости от расположения центромеры различают три типа строения хромосом: 4
• Акроцентрические — центромера находится практически на конце, второе плечо настолько мало, что его может не быть видно на цитологических препаратах. 4
• Субметацентрические — плечи неравной длины. 4
• Метацентрические — центромера расположена посередине или почти посередине. 4
• Наличие вторичной перетяжки. 45 Этот дополнительный морфологический признак некоторых хромосом внешне отличается от первичной отсутствием заметного угла между сегментами хромосомы. 4
• Наличие спутников. 2 Форма и величина спутника постоянна для данной хромосомы. 2

Также хромосомы могут различаться по генному набору: гомологичные имеют одинаковый порядок генов и одинаковое строение (длина, расположение центромеры и т. д.), негомологичные — разный генный набор и разное строение. 2

Кроме того, у большинства раздельнополых организмов есть пара половых хромосом, которые, как правило, различаются у разных полов по своим морфологическим признакам. 1