Как рассчитывается энергия вторичной структуры РНК?

Для расчёта энергии вторичной структуры РНК используют, например, следующие методы:

• Модель «ближайшего соседа». www.dissercat.com ru.ruwiki.ru При расчёте свободной энергии основания учитывают вид основания и контекст, а именно ближайшие соседние основания. www.dissercat.com
• Метод динамического программирования. www.dissercat.com ru.ruwiki.ru Последовательность РНК разделяют на отдельные блоки: петли (внутренние и внешние), выпетливания и стебли. www.dissercat.com Каждому блоку присваивают вес в зависимости от того, стабилизирует он структуру или дестабилизирует. www.dissercat.com Петлям присваивают отрицательный вес, что ведёт к увеличению свободной энергии, а стеблям — положительный, что, в свою очередь, ведёт к уменьшению свободной энергии. www.dissercat.com
• Алгоритм Зукера. www.dissercat.com Свободная энергия вторичной структуры оценивается как сумма свободных энергий отдельных элементов. www.dissercat.com При расчёте учитывают стэкинг — энергию взаимодействия соседних пар, образующих стебель. www.dissercat.com
• Определение укладки с помощью ансамбля Больцмана. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org Например, в программе SFOLD генерируют статистическую выборку всех возможных вторичных структур РНК. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org Алгоритм отбирает вторичные структуры в соответствии с распределением Больцмана. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org

Также для расчёта энергии вторичной структуры РНК используют ковариантные модели, которые основаны на существовании семейств родственных РНК, имеющих не только общую вторичную структуру, но и некоторые общие мотивы в последовательностях. ru.wikipedia.org