Фазово-контрастная микроскопия работает следующим образом: при изучении неокрашенных объектов, которые отличаются от окружающей среды только показателем преломления, интенсивность света не меняется. 1 Меняется лишь фаза световых волн. 1 Такие изменения незаметны в светлом поле, поскольку микроорганизмы прозрачны и не имеют цвета. 1 Для исследования таких объектов подходит фазово-контрастная микроскопия, её суть — трансформация фазовых изменений световой волны в амплитудные, видимые глазу. 1

Люминесцентная микроскопия основана на способности ряда веществ биологического происхождения или некоторых красителей светиться под действием падающего на них света. 4 Поглощая фотоны света, образец излучает свет другой, более длинной волны фотолюминесценции. 1 Люминесценцию провоцируют при помощи ультрафиолетового излучения либо специальных красителей. 1 Если освещать люминесцирующий объект синим светом, то он испускает лучи красного, оранжевого, жёлтого или зелёного цвета. 3 В результате возникает цветное изображение объекта. 3