Как работает VMD в молекулярной динамике?

VMD работает в молекулярной динамике как инструмент для визуализации и анализа данных симуляции. tcbg.illinois.edu Программа позволяет отображать и анализировать большие биомолекулы с помощью 3D-графики и встроенных скриптов. www.academia.edu

Работа VMD в молекулярной динамике происходит в несколько шагов: tcbg.illinois.edu

1. VMD читает структуру. tcbg.illinois.edu Программа определяет, сколько атомов какого типа нужно отобразить, с какими связями. tcbg.illinois.edu Если информация о связях отсутствует в загруженном файле, VMD пытается угадать их с помощью поиска по расстоянию. tcbg.illinois.edu
2. VMD обрабатывает данные о траектории. tcbg.illinois.edu Программа хочет знать, как меняются координаты каждого атома в структуре во время траектории. tcbg.illinois.edu

Некоторые возможности VMD в работе с молекулярной динамикой:

• Загрузка файла траектории. phys.nsu.ru Можно подгрузить файл молекулярно-динамической траектории дополнительно. phys.nsu.ru Для этого нужно активировать в окне основного меню кнопку Molecule и выбрать load data into molecule. phys.nsu.ru
• Выбор кадров для загрузки. phys.nsu.ru Можно указать, какие кадры загружать, например, каждый десятый. phys.nsu.ru По умолчанию подразумевается загрузка всех кадров из выбранной траектории. phys.nsu.ru
• Представление молекулы. phys.nsu.ru По умолчанию атомы показаны в перспективе, но можно включить ортографическую проекцию. phys.nsu.ru
• Использование аналитических плагинов. dspace.kpfu.ru Они позволяют получить детальную информацию о структуре исследуемой молекулы, проанализировать молекулярную динамику, отобразить графики энергии, температуры из данных динамики и многое другое. dspace.kpfu.ru