Разделение белков в градиенте плотности работает следующим образом: 1

1. Формируют градиент плотности. 1 Для этого в центрифужную пробирку последовательно вводят более плотные растворы в нижнюю часть, оставляя резкую границу раздела между слоями различной плотности. 1
2. Помещают поверх градиента небольшой объём раствора, содержащего белковую смесь. 1
3. Во время вращения ротора белки проходят через градиент. 1 Они разделяются в соответствии с их коэффициентами осаждения, причём белковые агрегаты осаждаются быстрее, чем отдельные исследуемые белковые молекулы. 1
4. В состоянии равновесия суммарный эффект гравитационных и выталкивающих сил приводит к накоплению специфических белков в определённой точке пробирки. 1 При этом происходит отделение белков от агрегатов с различными коэффициентами осаждения. 1

Для создания градиентов плотности растворов чаще всего применяются растворы сахарозы, иногда с фиксированным рН. 3