Процесс аутофагии в клетках работает следующим образом: 2

1. Когда клетка чувствует, что ей нужно заняться аутофагией, к эндоплазматической сети приходят соответствующие молекулярные сигналы. 2
2. На каком-то участке этих мембран вырастает омегасома — мембранная органелла с особым липидным составом и специальными белками. 2
3. Омегасома формирует фагофор — ковшеобразную структуру, которая существует уже независимо от эндоплазматической сети. 2 Фагофор несёт на себе белки LC3 — они помогают ему узнать испорченные митохондрии и другие клеточные органеллы, подлежащие утилизации. 2
4. Фагофор, поймавший митохондрию, превращается в аутофагосому. 2
5. С аутофагосомой соединяется лизосома — мембранный пузырёк с расщепляющими ферментами внутри. 2 Аутофагосома становится аутолизосомой и «переваривает» ненужную митохондрию. 2

Аутофагия запускается каждый раз, когда запасы поступающих питательных веществ извне заканчиваются. 1 Тогда клетки вынуждены делиться своими органеллами и макромолекулами, которые впоследствии перерабатываются на элементы, из которых организм синтезирует белки, липиды, углеводы и нуклеиновые кислоты. 1