Механизм мегаэволюции в Pokémon Legends: Z-A работает так же, как и в предыдущих играх. 1 Для её активации у покемона должен быть Мега-камень, а у тренера — Ключевой камень. 1

Когда у тренеров сильная связь со своими покемонами, Ключевой камень, который носит тренер, резонирует с Мега-камнем, который держит покемон, позволяя происходить мегаэволюции. 1 В результате покемон увеличивает свои характеристики и меняет тип. 1

В Pokémon Legends: Z-A также будет введена система таймера энергии, которая будет ограничивать частоту активации мегаэволюции — один раз за бой, так как энергия истощается с каждым использованным приёмом. 2