Принцип работы ДНК-микрочипа заключается в следующем: 2

1. На стеклянную подложку наносятся олигонуклеотидные мишени и иммобилизируются на поверхности микрочипа с образованием альдегид-иминовых связей. 2
2. Анализируемую ДНК заранее нарабатывают в достаточных количествах и метят флуоресцентным красителем. 2
3. Далее в ходе реакции на чипе происходит гибридизация флуоресцентно-меченного фрагмента ДНК со специфической олигонуклеотидной мишенью. 2
4. В случае комплементарного связывания флуоресцентного зонда с мишенью в соответствующем элементе чипа наблюдается свечение. 2
5. Флуоресцентный сигнал считывается при помощи сканера. 2 Детекция сигнала осуществляется путём оценки соотношения флуоресценции исследуемой и контрольной ДНК. 2
6. Подключённый к компьютеру микроскоп оценивает флуоресценцию каждого сайта ДНК-микрочипа и устанавливает последовательности гибридизованных ДНК, что позволяет установить последовательность ДНК или РНК из образца. 13