Цепь переноса электронов в митохондриях работает следующим образом: 2

1. Комплекс I окисляет НАДН и восстанавливает убихинон Q. 2 В процессе реакции из стромы в межмембранное пространство перекачиваются четыре протона (H+). 5
2. Комплекс II окисляет сукцинат до фумарата и тоже переносит электроны на убихинон. 5
3. Комплекс III переносит электроны с убихинона на водорастворимый переносчик цитохром c (Cyt c), который плавает в межмембранном пространстве и при этом перекачивает из стромы в межмембранное пространство шесть протонов. 5
4. Комплекс IV переносит электроны с цитохрома c на кислород. 5 Кислород восстанавливается до воды, и в процессе реакции из стромы в межмембранное пространство переносится ещё четыре протона. 5

В результате в строме оказывается мало протонов, а в межмембранном пространстве, наоборот, много, то есть возникает протонный градиент. 5 Белковый комплекс АТФ-синтаза использует энергию этого градиента для синтеза АТФ. 5