Как работает BLAST и его роль в биомедицинских исследованиях?

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) — биоинформационная программа для сравнения первичных биологических последовательностей, таких как аминокислотные последовательности белков или нуклеотиды ДНК и/или РНК. en.m.wikipedia.org

Работа BLAST включает сравнение заданной последовательности (запроса) с базой данных последовательностей для поиска областей сходства. microbenotes.com Программа использует эвристический подход для поиска сходств в базе данных, что делает её быстрой и эффективной. microbenotes.com

Алгоритм BLAST можно условно разделить на три этапа: www.bionity.com

1. Первый этап — поиск точных совпадений небольшой фиксированной длины W между запросом и последовательностями в базе данных. www.bionity.com
2. Второй этап — попытка расширить совпадение в обоих направлениях, начиная с начального совпадения. www.bionity.com
3. Третий этап — обработка предварительных совпадений, создание выравнивания с вставками и удалениями. bmcbioinformatics.biomedcentral.com

Роль BLAST в биомедицинских исследованиях разнообразна, некоторые области применения:

• Идентификация неизвестных последовательностей путём сравнения их с известными последовательностями в базе данных, что помогает предсказывать функции белков или генов. microbenotes.com
• Филогенетический анализ — важный инструмент для понимания эволюционных отношений между разными видами. microbenotes.com
• Идентификация функционально сохранённых доменов внутри белков, что важно для предсказания функций белков. microbenotes.com
• Сопоставление ДНК — при работе с известным видом и поиске гена в неизвестном месте BLAST может сравнить хромосомное положение интересующей последовательности с соответствующими последовательностями в базе данных. en.m.wikipedia.org