Анализ конформации одноцепочечной ДНК (SSCA) проводится в несколько этапов: 5

1. Амплификация полимеразной цепной реакцией (ПЦР) интересующей последовательности ДНК. 5
2. Денатурация двухцепочечных продуктов ПЦР. 5
3. Охлаждение денатурированной ДНК (одноцепочечной) для максимального самоотжига. 5
4. Определение разницы в подвижности одноцепочечных ДНК методом электрофореза в неденатурирующих условиях. 5

Принцип метода основан на том, что одноцепочечные фрагменты ДНК принимают уникальные конформации, зависящие от состава их последовательностей, при прогоне в неденатурирующем полиакриламидном геле. 3 Таким образом, миграция через гель зависит от длины цепи, а также от конформации нити. 3

Для визуализации изменений подвижности одноцепочечной ДНК используют радиоизотопное мечение, окрашивание серебром, праймеры для ПЦР, меченные флуоресцентным красителем. 5