Как проводится анализ конформации одноцепочечной ДНК?

Анализ конформации одноцепочечной ДНК (SSCA) проводится в несколько этапов: pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

1. Амплификация полимеразной цепной реакцией (ПЦР) интересующей последовательности ДНК. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
2. Денатурация двухцепочечных продуктов ПЦР. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
3. Охлаждение денатурированной ДНК (одноцепочечной) для максимального самоотжига. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
4. Определение разницы в подвижности одноцепочечных ДНК методом электрофореза в неденатурирующих условиях. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Принцип метода основан на том, что одноцепочечные фрагменты ДНК принимают уникальные конформации, зависящие от состава их последовательностей, при прогоне в неденатурирующем полиакриламидном геле. unclinic.ru Таким образом, миграция через гель зависит от длины цепи, а также от конформации нити. unclinic.ru

Для визуализации изменений подвижности одноцепочечной ДНК используют радиоизотопное мечение, окрашивание серебром, праймеры для ПЦР, меченные флуоресцентным красителем. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov