Чтобы проверить, является ли «чернеют» корнем слова, можно провести морфемный разбор этого глагола: 13

• «Чернеют» образовано от инфинитива «чернеть». 1
• Однокоренные слова: чернеть, чернь, чернота, чёрный. 1

Таким образом, корень слова — «черн». 13