Протоавис повлиял на представления о происхождении птиц, позволив усомниться в «динозавровой» гипотезе. 35 Протоавис, живший 220–200 млн лет назад, имеет больше общих черт с современными птицами, чем археоптерикс. 3 Это значит, что тероподы, жившие позже протоависа, являются в лучшем случае «братьями», а не прямыми предками птиц. 3

На основе изучения протоависа была разработана гипотеза дифилетического происхождения птиц. 12 Согласно ей, веерохвостые птицы произошли от группы юрских архозавров, близким родственником которых является протоавис. 12

Scansoriopteryx, отнесённый некоторыми палеонтологами к птицам, вызвал сомнения в происхождении птиц от динозавров. 12 У существа обнаружили характерные для птиц анатомические особенности: удлинённые передние конечности, кости запястий в форме полумесяца, лапы, приспособленные для сидения на ветках. 12 Перья, расположенные на передних и задних конечностях, свидетельствуют о том, что Scansoriopteryx мог планировать в воздухе, перелетая между деревьями. 12

Однако дальнейшие исследования не подтвердили отнесение Scansoriopteryx к птицам. 1